Desde 1998 a la fecha, el PROEIB Andes ha desarrollado nueve versiones de su Maestría en Educación intercultural Bilingüe con la participación de profesionales indígenas y no indígenas de varios países de América Latina. A través de la formación de profesionales con grado de maestría, impulsa la transformación de las prácticas educativas en los diferentes niveles de la educación pública. Trata de contribuir a una comprensión de la educación como vínculo entre la tradición y el futuro de los pueblos indígenas, tomando en consideración el contexto en el cual se desarrolla su vida y las necesidades de aprendizaje que derivan de él. En este sentido, la EIB es una contribución a nuevos enfoques de desarrollo y bienestar demandados por las sociedades indígenas que contribuyan a la gestión de sus territorios ancestrales con identidad y al fortalecimiento de sus propios sistemas económicos basados en sus saberes étnicos amigables con el medio ambiente.
La Maestría en Educación Intercultural Bilingüe está destinada a profesionales indígenas y no indígenas que trabajan en programas educativos en zonas, comunidades y localidades de diversidad cultural y lingüística. Los egresados y graduados se desempeñarán como, directivos y docentes de centros de formación docente, funcionarios de ministerios de educación, dirigentes y técnicos de organizaciones indígenas, consultores de organismos internacionales, docentes universitarios y también como investigadores en comunidades indígenas y ámbitos urbanos.
Considerando que los estudiantes que concurren a este programa poseen diferentes culturas, experiencias y prácticas, éste no puede plantearse como una mera trasferencia de contenidos, sino que se constituye en una comunidad de aprendizaje que construye los conocimientos en base a sus experiencias de vida, de sus comunidades y culturas y donde se aprende también de las experiencias de los otros compañeros. La formación está orientada al desarrollo de competencias que permitan un desempeño transformador en la práctica y los contextos multiculturales reales. En este sentido, se proponen como pautas metodológicas: la constitución de comunidades de aprendizaje mutuo, un re-enfoque epistemológico y la construcción de conocimiento desde un enfoque plural y la sensibilidad frente a la diversidad.
Con base a la experiencia de más de dos décadas, actualmente está en preparación una nueva versión de la Maestría Educación Intercultural Bilingüe, que será convocada la gestión 2019. La finalidad de seguir contribuyendo en el debate, la producción de conocimiento y el desarrollo de propuestas concernientes a los nuevos temas que se perfilan como prioritarios en América Latina, entre estos: el enfoque intercultural de la gestión educativa, el pluralismo epistemológico en el currículo, pedagogías interculturales, la migración campo-ciudad y educación indígena, la educación superior intercultural, la educación en la sociedad digital, el cambio climático y la educación propia, entre otros.