La investigación y la producción de conocimiento son la base metodológica de los procesos de formación en la Maestría. La modalidad del Programa es presencial. La maestría es de sistema modular centrada en formación teórica y en investigación con trabajos de campo y la elaboración de tesis, donde los estudiantes son promotores de la revitalización de lenguas partiendo por el uso de su propia lengua con conciencia y lealtad lingüística. Las líneas de investigación del Programa que nutren los procesos de formación y orientan el desarrollo de las tesis de los maestrantes son las siguientes:

• Lenguas en peligro de extinción y acciones para su revitalización. Coordinado por el Dr. Pedro Plaza.
• Capitales culturales y reproducción cultural: Educación y currículo. Coordinado por el Mgr. José Antonio Arrueta.
• Ecología de lenguas indígenas en contextos de globalización tecnológica y lingüística. Coordinado por el Mgr. Vicente Limachi.
• Pluralismo epistemológico del territorio, gestión de conocimientos y educación. Coordinado por el Dr. Fernando Prada Ramírez.
• Memorias bioculturales, lenguas indígenas y crisis ecológica. Coordinada por la Mgr. Marina Arratia.
• Diversidad/interculturalidad en la educación superior (DIES). Coordinado por el Dr. José Fernando Galindo.
• Bilingüismo e interculturalidad en áreas urbanas. Coordinada por la Dra. Inge Sichra.
• Relaciones lingüísticas en comunidades indígenas. Coordinado por el Dr. Teófilo Laime.